对注册商标专用权的保护是工商行政管理机关商标工作的重中之重，其保护的效果是工商行政管理机关的执法水平和执政能力的直接体现。

根据中国的国情，在保护商标专用权方面，《商标法》规定了中国特色的“双轨制”，就是司法保护和行政保护“两条途径、协调运作”的“双轨制”。我国的行政保护具有行动迅速、程序简便、查处速度较快、结案时间较短的特点，我国从中央到省、市、县都设有工商行政管理机关，县以下设工商行政管理所，所以由行政机关处理侵权纠纷并主动查处侵权案件，能够实现对商标专用权最充分的保护，同时也维护了消费者的利益。

在中国，大部分的商标侵权案件都是由工商行政管理机关处理或者查处的，而且其中大部分案件是工商行政管理机关依职权主动查处的，这充分说明具有中国特色的商标行政保护体制是卓有成效的。2009年，全国各级工商行政管理机关查处各类商标违法案件51044件，其中查处一般违法案件7448件，商标侵权假冒案件43596件。在查处的各类商标违法案件中，查处涉外商标案件10461件，共收缴和消除违法商标标识1353.4万件，移送司法机关涉嫌商标犯罪案件92件，移送司法机关商标犯罪嫌疑人109人。